根据你提出的中介公司工资预支超支问题，我们可以依据《中华人民共和国劳动法》第七十九条来分析处理方式。

《中华人民共和国劳动法》第七十九条规定：“劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。”

在中介公司工资预支超支的情况下，若双方无法协商解决，员工可依据该条款向劳动仲裁委员会申请仲裁。例如，若中介公司因计算失误导致工资预支超支，却恶意克扣员工后续工资，员工可通过仲裁要求中介公司返还克扣的工资，并按照约定处理超支部分。仲裁是解决劳动争议的法定前置程序，员工需先申请仲裁，对仲裁结果不服的，再向法院提起诉讼。
针对中介公司工资预支超支的问题，以下是几点实用的行动建议：

1. 收集证据：整理与工资预支相关的所有证据，包括预支申请单、工资发放记录、与中介公司的沟通记录（如聊天记录、邮件）等，这些证据能帮助你明确超支的原因和金额，为后续协商或维权提供支持。
2. 主动协商：及时与中介公司沟通，说明超支情况，了解中介的处理意见，尝试协商达成一致的解决方案（如分期抵扣、返还方式等），协商时注意保留沟通记录。
3. 向劳动监察部门投诉：若中介公司拒绝协商或恶意克扣工资，可向当地劳动监察部门投诉，提交相关证据，由劳动监察部门介入调查处理。
4. 申请劳动仲裁：若协商和投诉无果，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求中介公司依法处理超支问题，并维护自身合法权益。

选择解决方案时，需重点考虑中介公司的态度、超支金额大小以及自身时间成本，优先选择成本低、效率高的方式。若你对具体操作流程不明确，建议进一步向律师咨询，获取专业指导。

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